Durante la prima metà del 17° secolo, Capoliveri è stata attaccata più volte dai pirati che hanno distrutto le sue mura fino alle fondamenta. Agli inizi del 18° secolo fu teatro di una battaglia crudele tra l’esercito francese e quello spagnolo. Durante il periodo rivoluzionario, l’Elba divenne francese e successivamente fu scelta da Napoleone per il suo esilio. A questo proposito, gli abitanti di Capoliveri amano raccontare come Napoleone, intenzionato a distruggere la città perché irritato dalla mancanza di pagamento dei tributi imposti agli abitanti, abbia cambiato idea perché sedotto dalla bellezza di Amelia Vantini, una giovane donna di Capoliveri. Sotto l’amministrazione dei Lorena, Capoliveri visse una rinascita, grazie alla produzione di vino di buona qualità (Aleatico, Moscato, Sangiovese) e grazie alla produzione del ferro del Monte Calamita. A metà del 19 ° secolo i minatori iniziano le prime lotte per una migliore retribuzione: si tratta di un importante contributo alla nascita di una coscienza sindacale. Nel 1907 Capoliveri diventa comune autonomo.

Le miniere ormai abbandonate del Monte Calamita, possono essere raggiunte percorrendo una strada panoramica a picco sul mare. A sud-ovest del paese si trova il Santuario della Madonna delle Grazie (XVI sec.) , dove si può ammirare il quadro della Madonna del Silenzio di Marcello Venusti. Vicino alla spiaggia di Lacona si trova La Madonna della Neve, piccola Chiesa fondata da alcuni discepoli di San Giovanni Gualberto. San Michele è invece una chiesa in stile romanico-pisano che si trova in una posizione panoramica, dalla quale è possibile vedere la pianura di Mola e il golfo di Porto Azzurro. Distrutta dalle truppe del Barbarossa nella prima metà del 16 ° secolo, la chiesa non è mai stata completamente ricostruita, ma è stato usata come cimitero. Una tempesta costrinse Papa Gregorio XI, che era di ritorno da Avignone, a fare sosta all’Isola d’Elba e a celebrare la santa messa proprio nella chiesa di san Michele. Infine, una leggenda merita una menzione, la Festa dell’Innamorata, che si tiene il 14 luglio. Un corteo storico, ogni anno ci ricorda la tragica storia d’amore di Maria e Lorenzo, due giovani capoliveresi.